¿Se puede convenir en el contrato una cláusula que faculte al empleador para descontar de las remuneraciones montos por pérdidas de inventario, herramientas o dinero a cargo del trabajador?

No. Una cláusula establecida en el contrato de trabajo que faculta al empleador para descontar de las remuneraciones del trabajador una cantidad, que él mismo determina, para resarcirse de la pérdida de una especie valorada o dinero que estaba a cargo del trabajador o por el daño ocasionado por el actuar del dependiente, resulta ilegal por cuanto importaría infringir el inciso 2° del artículo 5° del Código del Trabajo, que establece que los derechos laborales son irrenunciables mientras subsista el contrato de trabajo.